对A公司来说中，增值税预缴和土地增值税预征，在税务处理上存在一定区别。
一是，征缴时点不同
增值税方面，《国家税务总局关于发布〈房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第18号，以下简称“18号公告”）规定，一般纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，应在收到预收款时，按照3%的预征率预缴增值税；一般纳税人销售自行开发的房地产项目适用一般计税方法计税的，应按照《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号文件印发）第四十五条规定的纳税义务发生时间，以当期销售额和适用税率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税。因此，纳税人应在收到预收款时预缴增值税，待确认纳税义务发生后，再进行纳税申报。这里的纳税义务发生时间，为发生应税行为并收讫销售款项或取得索取销售款项凭据的当天。
土地增值税方面，土地增值税暂行条例实施细则第十六条规定，纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。因此，土地增值税自纳税人收到转让收入后开始预征，符合条件后不再预征，并转入清算程序。
笔者认为，两者在征缴时点上的主要区别在于，增值税预缴以确认不动产销售的纳税义务发生时间为截止时点，纳税义务发生后，取得的收入不再预缴增值税，转为直接纳税申报；土地增值税预征则以清算作为截止时点，进行清算即不再预征。
上述案例中，甲项目于7月交付预售商品房并办理产权登记，取得预售商品房的尾款，增值税纳税义务已经发生，纳税人应该以商品房对应的销售额和适用税率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税。因此，收到的预售商品房尾款1000万元不再需要预缴增值税。同样，第三季度以现房形式销售剩余商品房收到的3亿元，也不需要预缴增值税，而应在增值税纳税义务发生后，直接进行纳税申报。但由于当时尚未进行土地增值税清算，因此，这部分销售款仍需要预征土地增值税。
二是，计税依据不同
增值税方面，18号公告第十一条规定，应预缴税款的计算公式为：应预缴税款=预收款÷（1+适用税率或征收率）×3%。可见，增值税预缴税款的计税依据为“预收款÷（1+适用税率或征收率）”。甲项目适用增值税一般计税方法，应预缴增值税税款=预收款÷（1+9%）×3%。
土地增值税方面，《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号，以下简称“70号公告”）第一条规定，房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目的，可按照以下方法计算土地增值税预征计征依据：土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款。因此，甲项目的土地增值税预征计税依据=预收款-预收款÷（1+9%）×3%。
需要特别注意的是，土地增值税预征的计税依据，不是根据增值税预收款价税分离确定的，而是按照预收款扣减实际预缴的增值税确定的，其金额与增值税预缴的计税依据不同。以第一季度为例，增值税预缴的计税依据=10000÷（1+9%）=9174（万元），而土地增值税预征的计税依据=10000-9174×3%=9725（万元），比增值税预缴计税依据多出551万元（9725-9174）。纳税人莫要误以增值税预缴计税依据作为土地增值税预征计税依据。
三是，预缴（征）率不同
增值税方面，根据18号公告第十一条规定，预缴率统一为3%。土地增值税方面，根据《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）第十四条和《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发〔2010〕53号）第二条的规定，预征土地增值税的具体办法，由各省、自治区、直辖市税务局根据当地情况制定。因此，不同地区，土地增值税预征率可能不同；不同类型房地产，适用的预征率也不完全相同。
四是，纳税期限不同
增值税方面，18号公告规定，一般纳税人应在取得预收款的次月纳税申报期，向主管税务机关预缴税款；小规模纳税人应在取得预收款的次月纳税申报期或主管税务机关核定的纳税期限，向主管税务机关预缴税款。因此，房地产开发企业如果是一般纳税人，预缴增值税应在次月申报缴纳；如果是小规模纳税人，应在次月纳税申报期或主管税务机关核定的纳税期限，申报缴纳税款。
土地增值税方面，对于纳税期限等预征的具体办法，由各省、自治区、直辖市税务局根据当地情况制定。目前，多数地区土地增值税预征实行按月申报，但也有部分地区实行按季申报。比如上海就规定，房地产开发企业转让开发建造的房地产，土地增值税实行按季申报缴纳，纳税人应于季度终了之日起十五日内，申报并缴纳税款。